Verkefni stofnunarinnar tengjast í áherslu á þverfaglega og fjölþjóðlega umfjöllun um fræðilegar og hagnýtar lausnir á viðfangsefnum sem sérstaklega tengjast norðurslóðum. Í starfi stofnunarinnar er lögð áhersla á að ekki sé vænlegt að slíta náttúruvernd úr samhengi við náttúrunýtingu eða þá hagsmuni sem tengjast þeirri viðleitni samfélaga að sjá sér farborða.

Líffræðileg fjölbreytni er mikilvæg en mannvist á norðurslóðum snýst ekki minnst um varðveislu menningarlegrar fjölbreytni og möguleika smárra samfélaga til að lifa í samræmi við eigið gildismat.

Íslendingum er nauðsynlegt að þekkja til áforma og væntinga alþjóðasamfélagsins sem hefur svo mikil áhrif á möguleika okkar og afkomenda okkar. Stofnun Vilhjálms Stefánssonar hefur hlutverki að gegna við öflun og miðlun slíkrar þekkingar.

Stofnunin heyrir undir umhverfisráðuneytið og hóf haustið 1998 starfsemi í húsnæði Háskólans á Akureyri við Norðurslóð. Í október 2004 var stofnunin flutt í Borgir, nýtt húsnæði á háskólalóðinni.